До атипових пневмоній із середини минулого століття традиційно відносили запалення легень як інтерстиціального, так і паренхіматозного характеру, які мали перебіг, що випливає із назви, не так типово, як до цього звикли фахівці, звичайно орієнтуючись на пневмококові запалення. До таких пневмоній звичайно відносили процеси із легким, не чітко означеним проявом. А саме. Запальні процеси, при яких клінічні ознаки були завуальованими, «стертими», без «традиційного» фебрилітету, з невеликим кашлем та відсутністю значної кількості харкотиння. Поряд із цим до таких пневмоній відносили також запалення легень, що супроводжувались значним інтоксикаційним синдромом, який більше нагадував якесь загальне отруєння, ніж локальний патологічний процес.
Пізніше до атипових пневмоній почали відносити деякі види вірусних пневмоній, хоча це недостатньо обґрунтовано, навіть з точки зору клініки, оскільки такі пневмонії звичайно перебігають типово для цих вірусних захворювань нижніх відділів дихальних шляхів.
Відомо, що останніми роками, головним чином з початку 90-х років минулого століття, все частіше почали виходити на авансцену як збудники інфекційних захворювань дихальної системи, сапрофітні та умовно патогенні мікроби, які у значній кількості колонізують ротову порожнину, верхні дихальні шляхи, шкіру та складки останньої.
З нашої точки зору найбільше значення для розвитку мають ті з мікроорганізмів, які локалізуються, головним чином внутрішньоклітинно. До них відносяться хламідії і частково мікоплазми та легіонели. Пневмонії, що викликаються цими збудниками, розбираємо в окремих підрозділах. Наразі ж необхідно додатково наголосити на тому, що ці збудники все частіше фігурують як інфекційні агенти, які передаються статевим шляхом і викликаються захворювання органів малої миски – додатків матки та передміхурової залози. Якщо типово інфікування нижніх шляхів дихального тракту відбувається внаслідок мікроаспірації цих та й інших збудників із верхніх відділів під час сну внаслідок розбалансування очисної дії мукоциліарного апарату та інших факторів резистентності бронхіального епітелію (лактоферину, інтерферону, лізоциму, секреторного імуноглобуліну класу А), то при захворюванні малої миски інфікування легень може відбутись із запалення додатків та передміхурової залози шляхом лімфогенної чи гематогенної дисемінації. Яким при цьому може бути інкубаційний період, залежить від багатьох чинників, зокрема і від наведених вище факторів епітеліального бронхіального захисту.
Мікоплазменна і хламідійна пневмонії частіше розвиваються у сім’ях та в закритих колективах, де утримуються домашні тварини (кішки, собаки).