Робота дихального ланцюга може бути інгібована під дією різноманітних клітинних отрут, які взаємодіють з білками-переносниками та порушують транспорт електронів:
Інгібітори I комплексу — барбітурати (амітил, секонал), ротенон, пієрицидин А.
Інгібітор II комплексу — малонат.
Інгібітор III комплексу — антиміцин А.
Інгібітори IV комплексу — Н2S, цианіди, СО.
Наявність у клітині вказаних інгібіторів призводить до розвитку гіпоенергетичного стану, що, в свою чергу, в деяких випадках може призвести до загибелі клітини.