Перша версія сучасної номенклатури з’явилася у 1961 році. Її запропонувала Міжнародна комісія з ферментів (Enzyme Commission), яка була створена у Брюсселі Міжнародним біохімічним конгресом (1955 р.). З кожним роком кількість ферментів, які були вивчені і включені в цю систему, зростала. Та якщо у 1961 році було класифіковано лише 900 ферментів, то у 1995 р - більш ніж 3500.
Ензимологія тривалий час залишалася без строгої номен-клатури ферментів. Ферменти отримували за випадковими ознаками (тривіальна номенклатура), за назвою субстрату (раціональна), за типом реакції або характеру субстрату. Наприклад, до тривіальної номенклатури слід віднести назви пепсин (від грецьк. пепсин – травлення) або трипсин (від грецьк. трипсис – розріджую). Іншим прикладом може бути назва цитохромів – забарвлених ферментів, які каналізують окисно-відновні реакції (від лат. citos – клітина, chroma – колір).
Найбільш поширеною стала раціональна номенклатура, основи якої були закладені учнем Л. Пастера - Е. Дюкло у 1883 році. Згідно з пропозиціями вченого робоча назва ферменту повинна містити назву субстрату та закінчення «аза». Наприклад, фермент, який каталізує гідролітичне розщеплення сахарози, має назву сахараза, гідроліз крохмалю – амілаза (від грецьк. амілон – крохмаль), гідроліз жирів – ліпаза (від грецьк. ліпос – жир) і т.п.
У 1961 році з’явилася номенклатура ферментів, яка базується на чітких наукових принципах. Згідно з цією номенклатурою назва будь-якого ферменту обов’язково містить назву субстрату (субстратів), тип реакції та закінчення –аза. Кожен фермент має робочу та систематичну назви.
Наприклад, лактатдегідрогеназа (ЛДГ або LDH) – це робоча назва ферменту, який каталізує зворотну окисно-відновну реакцію перетворення лактату в піруват (рис. 3). ЛДГ має систематичну назву - L-лактат:НАД+ -оксидоредуктаза.
Такі систематичні назви надають лише добре вивченим ферментам.
Залежно від типу реакції, яку каталізують ферменти, виділяють 6 класів, які поділяють на підкласи та підпідкласи. Кожен фермент має свій код або шифр (КФ) – це номер ферменту за міжнародною класифікацією.
Кожен такий номер містить скорочення КФ та послідовність із чотирьох цифр, які розділені комами. Перша цифра вказує на номер класу (один із шести). Друга – порядковий номер підкласу, який характеризує субстрат ферменту (за функціональної групою або зв’язком у складі субстрату, які є основними мішенями дії ферменту). Третя цифра – порядковий номер підпідкласу, який більш детально характеризує природу субстрату реакції. Четверте число – порядковий номер ферменту у підпідкласі. Наприклад, шифр КФ 1.1.1.1 належить алкогольдегідрогеназі, а КФ 1.1.1. 27 – лактатдегідрогеназі.
Таблиця 1 - Класи ферментів
Клас
Реакція
Тип реакції
Приклади підкласів
КФ 1
Оксидоре-дуктази
Окисно-відновні реакції (транспорт атомів Н, О, елек-тронів від однієї сполуки до іншої)