Визначення проблем на підставі аналізу цілей як всієї системи, так і її різних підсистем. Після того як проблема сформульована й знайдене її місце в загальній системі, для її вирішення можна застосовувати різні методи аналізу.
2 Формування схеми потоків (матеріальних, енергетичних, інформаційних і т.ін.).
Розробка схеми руху матеріалів, енергії, інформації. Графічне відображення проектованої системи.
3 Конструювання математичної моделі системи.
4 Формування окремих компонентів системи (підсистем, зв'язків, блоків).
Організаційна структура, що створюється на основі системного підходу, яка враховує потоки матеріалів, енергії, інформації і охоплює центри прийняття рішень, повинна перетинати традиційні організаційні границі, що опираються на функціональну спеціалізацію підрозділів.
5 Формування інформаційно - управлінської підсистеми.
Визначення центрів керівництва. Побудова інформаційно-управлінської підсистеми.
6 Забезпечення ефективності системи відповідно до критеріїв: простота, гнучкість, надійність, економічність, зручність експлуатації.