Запускання агрегату із гвинтовим компресором можливе у напівавтоматичному режимі, коли температура масла не менше за 15 °С. Насоси води й холодоносія запускаються із закритою засувкою на нагнітанні, яку потім повільно відкривають. В аміачній системі відкривають всі запірні вентилі (за винятком регулюючого вентиля й усмоктувального вентиля компресора), запускають аміачний насос.
Золотник компресора встановлюють у положення мінімальної продуктивності. Одночасно з пуском компресора відкривається вентиль подачі води в маслоохолоджувач. Після цього обертанням маховика переводять золотник у положення максимальної продуктивності. Відкривають усмоктувальний вентиль, знижують тиск у випарній системі. Повне відкриття всмоктувального вентиля можливе тільки при постійному спостереженні за навантаженням на електродвигун. Перевищувати навантаження на електродвигун заборонено, щоб запобігти його виходу з ладу. При високому навантаженні на електродвигун зменшують продуктивність переміщенням золотника і тільки після цього повністю відкривають усмоктувальний вентиль, а потім регулюючий.
Робочий режим гвинтового агрегату відрізняється від режиму роботи холодильної установки з поршневим компресором тим, що в процесі стиснення пари гвинтовим компресором відбувається його охолодження за рахунок впорснутого масла. В результаті температура нагнітання гвинтового компресора значно нижче, ніж поршневого, і залежить не стільки від параметрів роботи установки, скільки від кількості й температури масла, що подається в компресор.
При зупиненні агрегату одночасно закривається соленоїдний вентиль і припиняється подача води в маслоохолоджувач, масляний насос вимикається. Усмоктувальний вентиль закривають перед зупиненням агрегату, нагнітальний – після зупинення.
Автоматично агрегат зупиняється при зниженні тиску всмоктування до 0,03–0,05 МПа; підвищенні тиску нагнітання до 1,4 МПа; зниженні різниці тисків масла до 0,1 МПа; підвищенні температури нагнітання до (100±5)°С; підвищенні температури масла до (60±5)°С; зниженні температури масла до 15°С; підвищенні рівня холодоагенту у віддільнику рідини.