Незважаючи на всі переваги схем DTD, з ними пов'язаний ряд проблем:
Передусім вони не є екземплярами XML, робота з ними вимагає від розробника вивчення іншої мови програмування, що використовує інший синтаксис.
Створювати, перевіряти і підтримувати на відповідність за допомогою редакторів і утиліт XML достатньо важко.
Схеми DTD не надають контроль за типами даних, окрім текстових даних і типів документів, що ускладнює перевірку на відповідність стандартам у додатках, що використовують інші типи даних, наприклад, фінансові транзакції, обмін даними, наукові дані.
Схеми DTD не є екземплярами XML, тому немає можливості розширити і перетворити такі схеми.
Схеми DTD не забезпечують підтримку просторів імен XML, які дозволяють змішувати в документі елементи різних структур документів.
У зв'язку з переліченими недоліками стала необхідність використання інших схем, альтернативних DTD.
Схеми XDR визначають елементи, подані в екземплярі XML, а також будь-які атрибути, пов'язані з цими елементами, крім того в схемах XDR визначаються взаємозв'язки елементів XML-документа.
Дуже важливо усвідомити той факт, що XDR-схеми є екземплярами XML, тобто вони складаються з елементів і атрибутів XML, а отже, вони перевіряються на відповідність іншій схемі. Тому, створюючи XML-документ згідно розробленій XDR-схемі, програміст має ще справу і з третім документом, що містить середовище для XDR-файла.