Сільськогосподарські підприємства можуть сплачувати податки за 2 варіантами: сплачується фіксований сільськогосподарський податок і податки на загальних підставах.
Згідно з Указом Президента України від 18.06.98 із змінами і доповненнями платниками фіксованого сільськогосподарського податку є товаровиробники різних організаційно-правових форм господарювання і власності, у яких валові доходи з операцій продажу сільськогосподарської продукції власного виробництва та продуктів її переробки за попередній звітний рік перевищує 50 % загальної суми валових доходів підприємства. В такому разі аудитору необхідно перевірити правильність розрахунків сум фіксованого податку, а також своєчасність його оплати. При цьому звернути увагу, що фіксований сільськогосподарський податок сплачується замість таких податків і зборів:
податок на прибуток;
податок на землю;
податок з власників транспортних засобів;
комунальний податок;
збір на обов’язкове соціальне пенсійне страхування;
збори на обов’язкове соціальне страхування;
збір до державного інноваційного фонду.
У даному випадку аудитору необхідно звернути увагу на встановлення грошової оцінки 1 гектара сільськогосподарських угідь відповідно до кадастрової оцінки. Перевірити відповідність фактичної площі ріллі, сіножатей, пасовищ тощо з обліковими даними.
Для здійснення аудиту розрахунку фіксованого сільськогосподарського податку необхідно перевірити:
правильність застосування фіксованого сільськогосподарського податку;
правильність проведення арифметичного розрахунку сум фіксованого сільськогосподарського податку (встановити відповідність застосування відповідних норм);
встановити повноту та своєчасність нарахування і сплати фіксованого сільськогосподарського податку;
перевірити правильність оформлення первинних документів та відображення в обліку операцій з нарахування та сплати податку.
Інформаційним забезпеченням є журнал-ордер 8 с.-г., Головна книга, форма розрахунку фіксованого сільськогосподарського податку, копії платіжних доручень і виписки банку.
Під час перевірки підприємств, що сплачують податки на загальних підставах, аудитору необхідно перевірити правильність, повноту та достовірність валових доходів та валових витрат підприємства згідно із Законом України «Про оподаткування прибутку підприємств». При цьому необхідно звернути увагу на наявність залишків запасів підприємства станом на початок і на кінець звітного періоду, незавершеного виробництва, а також правильність проведення розрахунків амортизаційних відрахувань відповідно до податкового законодавства.
Одним з основних податків є податок на додану вартість (ПДВ). Для цього платники ПДВ ведуть книгу обліку придбання товарів, робіт, послуг та книгу обліку продажів. Аудитору необхідно перевірити правильність ведення даних книг, наявність податкових накладних, що відображені в цих книгах, своєчасність виписування податкових накладних при продажу товарів, робіт, послуг. Узяти до уваги, що сільськогосподарські підприємства при реалізації продукції рослинництва та тваринництва не сплачують ПДВ. Ці суми акумулюються на окремому рахунку. Станом на 01.01.03 вказані суми мали використовуватись підприємствами для поповнення власних оборотних засобів для розширення виробництва.
Аграрні підприємства, що виробляють і продають підакцизні товари (вино, винопродукти), мають нараховувати і сплачувати акцизний збір. Він нараховується в ставках екю у відсотках до обороту з реалізації товару. Отже аудитор має встановити обсяг продажу підакцизних товарів, правильність застосування норм нарахування акцизного збору, повноту нарахування і своєчасність сплати акцизного збору.
Сільськогосподарські підприємства можуть сплачувати також податок з власників транспортних засобів. Ставки податку визначені за рік відповідно до марки транспортного засобу (потужності двигуна). Аудитор повинен перевірити, чи сплачується податок з власників транспортних засобів на транспортні засоби, що передбачені протягом звітного періоду.