Того ж 1919 p., коли в Україні була відновлена радянська влада і почав діяти Декрет про відокремлення церкви від держави, організуються українські православні парафії, що об'єднуються у Всеукраїнську спілку православних парафій. Серед перших парафій УАПЦ, зареєстрованих у Києві, були: Старокиївська при соборі Св. Софії, Подільська при соборі Андрія Первозванного, Либідська при церкві Св. Іллі і Печерська при соборі Св. Миколая.
Протягом літа 1919 p. майже всю територію України захопили денікінці: почалися репресії проти автокефальних священнослужителів, єпископи РПЦ позбавляли їх сану, заборонено було відправлення служб українською мовою. Після вигнання денікінців ВПЦР відновлює роботу, відкриваються нові парафії. Влада сприяє цьому. Так, з'їзд волосних і сільських ревкомів Київщини у лютому 1920 р. у своїй резолюції постановляє: «Служба Божа в церквах на повіті скрізь мусить проводитись українською мовою».
ВПЦР шукала шляхи співпраці з єпископами РПЦ, проте не зустріла з їхнього боку порозуміння. Коли ж єпископи РПЦ заборонили вести богослужіння священикам автокефальних парафій, ВПЦР на своєму засіданні від 5 травня 1920 р. проголосила православну церкву в Україні автокефальною і соборно правною. Згодом церковний собор Київщини за участю 412 делегатів визначив ставлення до Всеукраїнського церковного собору 1918 р. як до зборів «ворогів українського церковно-визвольного руху, і тому ні його постанов, ні ... вищого керівного органу не визнавати». Було прийнято рішення стосовно шлюбного стану, який не повинен перешкоджати обранню в єпископи, а для виборів єпископа не має бути різниці між мирянами і духовенством.
Собор обрав на посаду митрополита Київського і Галицького архієпископа Парфенія (Аевицького), а його заступником — єпископа Антоніна (Грановського). Кандидатами у єпископи Київщини було q6paHO 10 чоловік. Серед них — майбутні керівники УАПЦ, протоієреї Василь Липківський і Нестор Шараїнський, священики Павло Погорілко і Кость Кротевич. Незважаючи на це, питання з ієрархією УАПЦ не було вирішене: Парфеній (Левицький) незабаром після з'їзду помер, а Антонін (Грановський) став у Москві обновленським митрополитом.
За відсутності власного єпископату ВПЦР скликала в Києві у жовтні 1921 р. Всеукраїнський православний церковний собор. На соборі були присутні близько 500 представників духовенства і мирян, запрошені всі православні єпископи на чолі з екзархом Михаїлом. Останній не лише відмовився від запрошення, а й заявив, що всіх священнослужителів, які підуть на собор, позбавлятиме сану.
Собор доручив проводити хіротонію не лише єпископам, а й пресвітерам. Так відбувалося висвячування у християнські єпископи в Африці до кінця IV ст., а в Александр» це тривало навіть у X ст. Першим єпископом УАПЦ, митрополитом Київським і всієї України було рукопокладено протоієрея Василя Липківського, одного з фундаторів автокефалії в Україні. Собор затвердив канони УАПЦ.
Собор вирішив утворити при церковних радах постійні організації для допомоги голодуючим, закликав віруючих брати на своє утримання голодних дітей. Були засуджені наклепи з боку єпископату РПЦ проти УАПЦ, які мають «обороняти позиції старих пануючих верств у визискуванні меншого брата на Україні». Собор надіслав вітання урядові УРСР, у якому висловлював вдячність за закон про відокремлення церкви від держави, оцінював його як гарант свободи совісті в Україні.
Проголошення УАПЦ, з одного боку, викликало сильну протидію з боку традиціоналістського напряму в РПЦ, а з іншого — дістало підтримку обновленського крила РПЦ, що розглядало УАПЦ як споріднену течію. На Помісному соборі РПЦ 1923p., підготовленому обновленцями в Москві, було визнано автокефалію православної церкви в Україні.
Після собору 1921 р. відбувається активний процес створення церковних структур, передусім на території сучасних Вінницької, Дніпропетровської, Київської, Кіровоградської, Полтавської, Сумської, Черкаської, Чернігівської, Харківської, Хмельницької областей. Автокефальним парафіям довелося користуватися храмами спільно із «слов'янськими», тобто прибічниками патріарха 1 ихона. Це нерідко призводило до суперечок і навіть до сутичок між ними.
У складі міських парафій були ремісники, дрібні торговці, представники інтелігенції, робітники. Більшість віруючих привело в автокефалію бажання «слухати службу Божу та молитися рідною мовою». Віруючим імпонувало саме те, що УАПЦ, як зазначало її керівництво, діє у згоді з органами влади. На зустрічі з головою Раднаркому УРСР 2 вересня 1923 р. керівництво УАПЦ заявило про підтримку радянської влади.
У цей період організовуються богословські курси, гуртки та церковні братства, видається часопис «Церква і життя», ведеться активна місіонерська діяльність у місцях розселення українців у СРСР і за кордоном (близько 150 парафій). Церква підтримувала зв'язки із зарубіжними церковними організаціями. У 1924 р. автокефальних парафій налічувалось понад 2000, вони об'єднували понад 10 млн віруючих. Для порівняння — РПЦ в Україні, яка перебувала у той час у кризовому стані, мала 4923 релігійні парафії.
На початку 20-х років унаслідок пристосування церкви до нових суспільних умов у РПЦ сформувався обновленський рух, який поширився і в Україні. Одна з основних груп обновленців, «Жива церква», в Україні існувала з 1920 р. Вона домагалася богослужінь рідною мовою, створення устрою церкви в дусі первісного християнства, а також заснування шкіл, курсів підготовки священнослужителів, перекладу та видання релігійної літератури українською мовою, організації необхідних церкві підприємств (книгарень, свічкарень, крамниць).
У жовтні 1923 р. українські обновленні на своему помісному соборі в Харкові створили незалежну церкву — Українську православну автокефальну церкву (УПАЦ) із власним синодом. Очолив її митрополит усієї України Пимен (Пєгов). Хоча позиції УПАЦ багато в чому збігалися з позиціями УАПЦ, спроби злиття цих церков зазнали поразки. У середині 40-х років УПАЦ припинила існування.
Другий Всеукраїнський Помісний собор УАПЦ (1925 р.) осудив прихильників московського патріарха Тихона. У 1927 р. число громад УАПЦ досягло 2235. Синод УАПЦ видавав часопис «Український православний благовісник», календарі, іншу літературу. Церква приваблювала віруючих лояльним ставленням до влади, демократичними реформами внутрішньоцерковного життя, канонічністю ієрархії.
Єпископів УАПЦ Павла Погорілка і Теофіла Булдовського не влаштувала пресвітерська хіротонія. Вони вирішили отримати єпископський сан традиційним шляхом. Погорілко у Москві отримав хіротонію з рук обновленського митрополита, а Булдовський — з рук патріарших єпископів. Згодом вони об'єднались і разом з патріаршим Катеринославським єпископом Іоаникієм утворили Благодатну українську автокефальну православну церкву ъ синодом у Харкові. Наприкінці 1925 р. вона налічувала близько 200 парафій.
На початку 20-х років, незважаючи на те, що керівництво УАПЦ заявило про своє лояльне ставлення до радянської влади, схвалило Декрет про відокремлення церкви від держави, починаються переслідування. Затримується реєстрація статуту УАПЦ. Внаслідок цього виникають суперечності між єпархіями і ВПЦР. Деякі з них припиняють визнавати ВПЦР. Наприклад, група автокефалістів на чолі з Білоцерківським єпископом УАПЦ В. Броневським, протоієреєм К. Янушівським та єпископом П. Тарнавським повідомила про розрив з керівництвом УАПЦ і створення самостійної Діяльно-Христової церкви (ДХЦ). До цієї групи був близьким деякий час один із фундаторів «Живої церкви», а згодом голова ВПЦР М. Мороз. У статуті ДХЦ була визначена мета «утворення нової правдивої Христової церкви працюючих відповідно до культурного розвитку людності», а також «знищення духовних кайданів». Соціалістична революція розглядалась «як історично необхідний етап у культурному розвитку людства», а відродження церкви як «напрям загальновизвольного руху в сфері релігійного життя працюючих». Визнавалася собор-ноправність і автокефальність реформи церкви в усіх сферах її життя та відокремлення церкви від держави. Ця церква, так само автокефальна, видавала свій часопис «Церковне життя». ДХЦ проіснувала до 1927 p., коли возз'єдналася з УАПЦ.
У жовтні 1927 р. відбувся другий Всеукраїнський православний собор УАПЦ. На ньому розглядалися питання: «сучасний стан релігії взагалі і християнства зокрема у світовому житті» (доповідач В. Чехівський); всесвітня конференція в Лозанні; старокатолицька церква і можливість налагодження зв'язків з нею тощо. Були розглянуті звинувачення з боку державних органів на адресу ВПЦР і особливо митрополита Василя Липківського. Незважаючи на те що на соборі була доведена безпідставність звинувачень у контрреволюційності, представники адмінорганів наполягали на усуненні митрополита від керівництва церквою. Внаслідок адміністративного тиску собор був змушений усунути Василя Липківського та обрати митрополитом Миколу Борецького.
Численна українська інтелігенція підтримувала автокефалію, брала участь у діяльності соборів УАПЦ. Членами першого собору УАПЦ були академіки С. Єфремов і А. Кримський, композитори П. Козицький і К. Стеценко, письменники Г. Косинка і Л. Старицька-Черняхівська. На другий собор були запрошені академіки М. Грушевський і А. Кримський та інші діячі культури.
У 1929 р. почались арешти у справі «Спілки визволення України» (СВУ), за якою проходили і деякі діячі УАПЦ. У січні 1930 p., ймовірно, на вимогу органів ДПУ, скликається третій Всеукраїнський православний церковний собор, який приймає рішення про саморозпуск УАПЦ. У лютому 1930 р. ВПЦР повідомляє про припинення своєї діяльності. Почалися масові закриття парафій УАПЦ з ярликами «контрреволюційних націоналістичних релігійних об'єднань». Наприкінці 1930 р. залишилося близько 300, а до 1936 р. не було вже практично жодного об'єднання УАПЦ. Вона стала однією з перших жертв адміністративно-командної системи.
На західноукраїнських землях, які відійшли до Польщі після Ризького мирного договору 1921 p., з 1924 р. діяла так само автокефальна церква — Польська автокефальна православна церква (ПАПЦ). Коли константинопольський патріарх у 1924 р. визнав ПАПЦ, це викликало протест УАПЦ. Митрополит В. Липківський назвав керівника ПАПЦ, митрополита Варшавського Діонісія і його брата «покірними пахолками польської влади», які виконують усе, що вона накаже.
Отже, після 1917 р. православна церква в Україні перебувала в глибокій кризі. Поряд з традиційною — тоді так званою тихонівською — існувало п'ять автокефальних церков. Нині парафії АПЦ існують також за кордоном у місцях поселення українців, де вони об'єднані в митрополії. Серед них найбільшою є Українська православна церква в США, яка налічує близько 130 тисяч віруючих. Понад 120 тисяч віруючих налічує й Українська православна церква в Канаді. Є ще митрополія в Західній Європі. УАПЦ за кордоном має свої видання: «Українське православне слово» (США), «Православне слово» (Велика Британія) тощо. Кадри автокефального духовенства готує духовна академія, колегія Св. Андрія (Канада), Богословсько-педагогічна академія (ФРН).