Середньовіччя (кінець V — середина XVII ст.) — це епоха становлення, розвитку і занепаду феодальних суспільних відносин.
Феодальний спосіб виробництва сприяв формуванню світових релігій, поширенню на Заході ідей християнства, а на Сході — ісламу і буддизму. Біблія і Коран набули сили закону, релігія охоронялася правом, стала в цих умовах панівною формою суспільної свідомості. Вона формувала погляди на явища природи, суспільне життя та духовний світ людини. Церква, володіючи величезними багатствами і землею, перетворилася на великого феодала. Серед панівного класу духовенство належало до першого стану і користувалося всіма правами, аж до позбавлення волі і життя людини в ім'я релігійної віри. В епоху «духовної диктатури церкви» розвиток вільнодумства був вкрай утруднений. Однак ідейна боротьба з релігією не припинялась, оскільки вільнодумство відповідало інтересам широких верств населення, передусім закріпачених селян, які боролися проти феодальної експлуатації, в тому числі проти такого великого феодала, як церква.
У період середньовіччя змінюються форми ідейної боротьби з релігією, певних змін зазнає зміст вільнодумства. Матеріалістичні ідеї, вільнодумство виражаються в цей час під прикриттям релігії або в релігійній формі. Парадоксально, але в умовах, коли релігія виступала панівною формою суспільної свідомості, це було необхідним. Характеризуючи цю особливість, Ф. Енгельс зазначав, що коли свідомість і почуття народних мас живилися лише релігійною поживою, щоб викликати їх бурхливий рух, необхідно було власні інтереси цих мас виразити у релігійній формі. В епоху середньовіччя будь-яка форма виступу проти панівної ідеології руйнувала релігійний світогляд.
Вільнодумство середньовіччя мало свої особливості. Воно спиралося на атеїстичні традиції критики релігії античного суспільства, експериментальний метод вивчення явищ природи і дані природничих наук, раціоналістичний підхід до аналізу богословської літератури, зокрема Біблії та Корану. Вільнодумство нерідко виступало у формі деїзму, пантеїзму і концепції «подвійної істини».
Багато ідей, спрямованих проти релігійних догм, розвивалися в епоху середньовіччя в руслі богословської схоластики, зокрема таких її крайніх течій, як номіналізм і натуралізм. Представники цих конкуруючих течій у богословській схоластиці неоднаково оцінювали співвідношення загальних категорій і конкретних речей. Реалісти твердили, що категорії існують об'єктивно, і є первинними, а речі, явища — вторинні. Номіналісти відкидали об'єктивність категорій, вважаючи, що предмети та явища мають об'єктивний характер, оскільки вони існують реально. Тим самим вони мимоволі ставали виразниками матеріалістичних ідей. Наприклад, Дуне Скот (1265—1308), посилаючись на могутність Бога, доводив, що матерія здатна мислити. На цій основі він розмежував філософію і теологію, на перше місце висунув вольове начало в діях людей. За словами К. Маркса, «він змусив теологію проповідувати матеріалізм».
Незважаючи на негативне ставлення церкви до античної культури, атеїстичні традиції античного суспільства продовжували існувати при феодалізмі у прихованій формі. Наприклад, у XII— XVIII ст. в Європі була поширена ідея хибності християнства, іудаїзму та ісламу. Вона грунтувалася на тому, що релігія — це продукт витвору талановитих людей, особливо хитрих державних діячів, аби в корисливих цілях обдурювати своїх підлеглих. В анонімному трактаті Христос, Моисей і Магомет оголошувались «великими шарлатанами». Антична ідея земного походжен-ня релігії в епоху середньовіччя стала одним із засобів боротьби з світовими релігіями.
Релігійний світогляд руйнувався використанням експериментального методу у пізнанні природи. Основоположником експериментальної науки Нового часу був англійський філософ і природознавець Роджер Бекон (бл. 1214—1294). Методом пізнання природи він вважав не Святе Письмо, а спостереження та досвід. Експериментальну науку він оголосив матір'ю інших наук. Учений критикував відомих на той час богословів за незнання природничих наук і математики, за їх облудність. Багато явищ природи Бекон пояснював природними причинами. Наприклад, появу веселки він вважав наслідком відбиття сонячних променів у краплинах дощу. В галузі знань про природу філософ був великим оптимістом. Вчений був впевнений у тому, що люди зможуть створити літальні апарати, колісниці без коней, кораблі без веслярів, які рухатимуться з величезною швидкістю. Ідея пізнання природи через практику була кроком уперед порівняно зі споглядальною філософією стародавнього світу. Бекону належить відома теза «Знання — це сила», що навіки ввійшла в історію наукового прогресу.
Деякі мислителі середньовіччя продовжували традиції античного раціоналізму. Виступаючи проти авторитету церкви та богослов'я, вони твердили, що людський розум є основним критерієм істинності всіх теоретичних висновків, у тому числі релігійного віровчення. Подібні ідеї суттєво суперечили церковним догматам про підпорядкування розуму релігійній вірі, філософії —богослов'ю, науки — релігії. Претензії церкви на абсолютну істинність релігії і Святого Письма піддав критиці французький філософ-схоласт П'єр Абеляр (1079—1142). Він, як і більшість людей його часу, був віруючим і намагався пояснити християнські догмати з позицій наукової логіки та філософської аргументації. Абеляр обстоював думку про неприпустимість прийняття жодної релігійної тези на віру без перевірки розумом. Однак ця спроба привела його до виявлення суперечностей у Біблії. У творі «Так і ні» Абеляр наводить безліч суперечностей у Святому Письмі і у творах провідних богословів. Він пише, що навіть самі пророки й апостоли не були позбавлені помилок, не кажучи вже про пізніших авторитетів християнської церкви, авторитет яких значно нижчий, ніж Євангелія. Філософський твір Абеляра започаткував руйнування віри в авторитет Біблії, богословських праць і самої церкви. Він відіграв значну роль у подальшому розвитку вільнодумства.
В умовах «духовної диктатури церкви» намагання довести перевагу розуму над релігійними повчаннями вимагало величезної мужності та викликало переслідування з боку церковних властей. У ?Ц21 р. церковний собор у Суассоні засудив Абеляра як єретика. Його примусили на людях спалити свій трактат і заточили в монастир. Вільнодумство в епоху середньовіччя знайшло вияв у таких філософських концепціях, як пантеїзм і деїзм. Ці вчення не зводилися до безпосереднього заперечення віри в надприродне. Вони лише по-особливому трактували Бога, що по суті виключало його втручання в процеси природи та людське життя. Пантеїсти заперечували основну тезу християнського світогляду про прірву, що відокремлює світ земний від божественного, природу від Бога, про створення світу з нічого. Згідно з пантеїзмом Бог не може існувати окремо від природи. Він як істота існує лише в єдності з природою. Характер цієї єдності вчені розуміли неоднаково. Пантеїзм матеріалістичного напряму розчиняв Бога у природі, ідеалістичний пантеїзм навпаки — природу в Богові. Дехто з філософів єдність природи і Бога вважав абсолютною (Дж. Бруно, Б. Спіноза). Найяскравіше пантеїстичні ідеї висловив філософ раннього середньовіччя Іоанн Скотт Еріу-ген (бл. 810—877). В історію європейської філософії вчений увійшов завдяки своїй славнозвісній праці «Про поділ природи». Головним питанням у цій праці є співвідношення віри і розуму. Він писав, «коли ми чуємо, що Бог створив все, то ми повинні розуміти під цим не що інше, як те, що Бог є у всьому, тобто, що він існує як сутність всіх речей». У філософії Еріугени пантеїзм поєднується з визнанням авторитету розуму як критерію істини, а не релігійної віри, права науки на самостійний пошук істини незалежно від релігійних авторитетів. Характерною рисою його вчення є гуманізм, прагнення підкреслити цінність земного життя людини. «Найважливішим і чи не єдиним шляхом до пізнання істини є передусім пізнати й полюбити саме людську природу», — зазначав філософ. Подібні ідеї суттєво суперечили ортодоксальній теології, згідно з якою людська природа спотворена гріхом і людина не здатна власними силами, без допомоги «божественного одкровення» пізнати істину.
Вчення Еріугени справили величезний вплив на розвиток філософської думки європейського середньовіччя. Яскравим спалахом його пантеїстичні ідеї проявилися в XIII ст. Наприклад, Давид Данайський на основі пантеїзму дійшов матеріалістичного висновку про те, що «дух і матерія тотожні»; «матерія світу і є сам Бог». Паризький (1210 p.), а потім Латеранський (1215 р.) собори засудили пантеїзм як єретичне вчення, а твори Динанського були знищені.
Пантеїзм покладено в основу ідеології численних народних рухів, спрямованих проти феодалізму. Він був взаємопов'язаний з народними єресями. Дехто з філософів-пантеїстів ставали ідеологами та вождями революційних, антифеодальних течій. Так, філософ-пантеїст Амальрік Вепський читав у Паризькому університеті лекції з філософії і богослов'я. Він учив, що все у світі єдине, оскільки все є Бог. Він прирівнював людину до Бога, заявляючи, що будь-яка особа може бути Богом. Це було рівнозначним твердженню, що «Бога без людини не існує». Такі ідеї створювали грунт для підриву церковного вчення про людину як «рабу Божу», про первородний гріх і його необхідність спокутування. За свої пантеїстичні погляди Амальрік змушений був у 1204 р. виправдовуватись у Римі перед Папою Інокентієм III і після повернення до Парижу зрікся свого вчення. Згодом після цього він помер. Однак залишились його послідовники, які й поширювали пантеїстичні ідеї. Амальріканці не вірили у безсмертя душі, заперечували існування загробного життя, твердили, що пекла і раю не існує, відкидали релігійні обряди та необхідність церкви. Вони жорстоко переслідувались інквізицією. Проте репресії не змогли викорінити рух амальріканців. У XIII—XIV ст. ідеї Амальріка значно поширились у Німеччині, Франції, Італії, а пізніше серед анабаптистів (перехрещенців) як однією з течій Реформації.
У добу феодалізму деїстичних ідей дотримувалося багато філософів і природознавців. Витоки деїзму слід шукати в арабській культурі, зокрема в аверроїзмі. Згідно з деїстичними поглядами, Бог лише сотворив світ, однак не втручається в його розвиток. Природа та суспільство розвиваються за власними закономірностями без впливу надприродних сил. Деїсти спростовували релігійне вчення про Божий промисел, обстоювали активну роль людини у пізнанні, виступали проти релігійної нетерпимості, намагалися звільнити науку та філософію від засилля церкви, служіння теології.
Араби у IX ст. завоювали Піренейський півострів, створили на його теренах високий рівень культури, одним із проявів якого була арабо-іспанська філософія, яка розвивала традиції східної філософії. Вершиною цієї філософії було вчення, яке створив арабський філософ Іби Рушд (1126—1198), відомий в латинській літературі під іменем Аверроєс. Це вчення відіграло значну роль у розвитку вільнодумства в Європі, Ібн-Рушд був послідовником філософії Арістотеля, проте робив з неї матеріалістичні висновки. Він протиставив релігії дві основні ідеї атеїстичного змісту: думку про вічність і нестворюваність матерії, а також думку про смертність індивідуальної душі. Філософ твердив, що матерія сама породжує різноманітність своїх форм і не потребує для свого існування нікого і нічого, вона ніким не створена і не може зникнути. Створення світу з нічого — це, на думку мислителя, нісенітниця. Аверроєс заперечував Бога як творця світу та залишав йому лише функцію рушія. Природа існує за власними законами, Бог не втручається у земні справи. Отже, вчений цілком заперечував «божественні чудеса».
Прогресивним було вчення Аверроеса про два різновиди розуму. Діяльний людський розум має загальний космічний характер, він безсмертний і вічний, як вічне і безсмертне саме людство, зазначав філософ. Матеріальний розум, або душа людини, є індивідуальною властивістю особи. Душа осягає конечні речі і вмирає разом зі смертю тіла. Внаслідок цього вчений заперечував існування потойбічного світу, релігійні догмати про загробну відплату, воскресіння після смерті.
Значний внесок Ібн-Рушда у розвиток філософії полягав у тому, що він доводив необхідність розмежування сфер впливу релігії та науки, вимагав забезпечити науковим знанням автономний характер, звільнити науку від диктату богослов'я, від необхідності погоджувати наукові висновки з догмами релігії. У праці «Роздуми, які вирішують питання щодо зв'язку між філософією і релігією» вчений твердив, що наукове та філософське дослідження, яке грунтується на раціональних доказах, узгоджується з релігійними істинами та підтверджує їх. У тому разі, коли наукові й філософські висновки «приходять у суперечність з буквальним смислом віровчення, цей буквальний смисл припускає алегоричне тлумачення...». Зазначені ідеї були основоположними у виникненні й розвитку теорії «двоїстої істини», яка теоретично як філософська концепція склалась у XII ст.
Вчення Ібн-Рушда викликали невдоволення мусульманських ортодоксів. Незважаючи на те, що він багато років посідав високі пости лікаря та судді при дворі халіфів в іспанському місті Кордова, однак філософ потрапив в опалу, був вигнаний з країни і помер у Марокко.
Ідеї Ібн-Рушда мали значний вплив на розвиток філософської думки та науки у Західній Європі. Одним із основоположників латинського аверроїзму став магістр Паризького університету Сігер Брабаитський (бл. 1235 — бл. 1282). Філософ висловлював погляди, які цілком суперечили християнському віровченню і були засуджені церквою двічі. Серед 219 його тез були такі: «світ вічний», «першої людини Адама ніколи не було», «душа смертна, вона вмирає разом з тілом», «справи і дії людини не спрямовуються божественним провидінням», «Бог не може дати руйнівним і смертним речам безсмертя» тощо. Ці вислови мали атеїстичний характер. Щоправда, Сігер припускав можливість існування надприродної істоти, проте вона, на думку вченого, не має ніякої влади над природою та людиною, не є творцем і промислителем. Деїстичне тлумачення Бога привело Сігера та його послідовників до вільнодумства й атеїзму.
Цінним у філософії Сігера є його вчення про інтелект. Учений визнавав існування єдиного для всього людства, вічного і безсмертного інтелекту, який виявляється як загальний розум нескінченного ланцюга людських поколінь. Він доводив, що діяльність інтелекту можлива лише у взаємозв'язку з людським тілом. Якщо травмувати мозок людини, зазначав філософ, то вона забуває те, чого навчилася. Отже, інтелект і тіло функціонують лише в єдності. Вчення про вічність людського інтелекту та людства стверджувало принцип рівності всіх людей і було спрямоване проти християнської ідеї створення людини Богом. Сігер заперечував усю християнську догматику з її вченням про Трійцю, спокутування гріхів, воскресіння, рай і пекло. За свої погляди Сігер був відлучений від церкви, підданий суду інквізиції, після чого його викликали до папського двору і там отруїли.
Вільнодумство феодальної епохи у своєму розвитку спиралося на теорію двоїстої істини. Це вчення відіграло важливу роль у звільненні філософії і науки від впливу релігії та церкви. Сутність теорії двоїстої істини полягає в тому, що за філософією і наукою визнається право робити висновки, які суперечать богослов'ю, оскільки наука і богослов'я належать до різних галузей знань. Те, що є істинним у філософії, може бути хибним у теології і навпаки. Теорія двоїстої істини виражала намагання прогресивних мислителів позбутися контролю з боку релігії та церкви. Одним із перших філоффів, який висунув концепцію двоїстої істини, був Аверроєс. Його вчення розвинув глава латинської школи аверроїстів Сігер Брабантський. До логічного завершення теорію двоїстої істини довів відомий англійський філософ схоласт УІЛЬЯІИ Окнам (бл. 1285 — 1349). Філософ учив, що наукові знання не мають ніякого відношення до релігійної віри, а релігія — до науки, оскільки це дві не взаємопов'язані галузі знань. Релігійні догмати, за Оккамом, можуть бути предметом віри, а не знання. Такий підхід прокладав шлях науковому дослідженню природи, звільняв філософію від служіння теології. Спираючись на теорію двоїстої істини, вчений висловив ідею нескінченності матерії у просторі та вічності в часі. Він твердив, що матерія ніколи не виникає і не руйнується. Вона актуальна й первинна щодо форми. Всесвіт як єдність матерії і форми нескінченний, зазначав Оккам.
Церква жорстоко переслідувала прихильників теорії двоїстої істини. Оккам був звинувачений папською курією у єресі і чотири роки провів у в'язниці.
У середньовічній Росії ідеї вільнодумства розвивались і поширювалися стригольниками (наприкінці XIV ст.) і новгородськими єретиками (наприкінці XV ст.), а також Іваном Пересвєтовим, Матвієм Башкіним, Феодосієм Косим (XVI ст.). Наприклад, Матвій Башкіи виступав проти кріпацтва і спростовував головні догмати православної церкви. За це він був ув'язнений до монастирської в'язниці. В Україні ідеї вільнодумства розвинув Юрій Дрогобич (1450—1494), який був доктором філософії, медицини та вільних мистецтв, професором багатьох університетів тогочасної Європи.
Вільнодумство в епоху середньовіччя було вагомим чинником духовного життя феодального суспільства. Воно виражало інтереси і прагнення прогресивних соціальних сил, підривало устої феодалізму, авторитет церкви і релігії. В тяжких умовах церковної диктатури діяльність передових мислителів сприяла збереженню і поширенню демократичних та атеїстичних традицій античного суспільства. Перед вільнодумцями тієї доби були не ослаблені політеїстичні релігії, а світові релігії, які мали досить розвинену ідеологію та серйозне філософське обгрунтування. Нова форма релігії вимагала нових підходів і методів ідейної боротьби. А вільнодумство феодального суспільства лише шукало нових й ефективних форм боротьби з монотеїстичними релігіями. Нагромаджувалися аргументи проти релігійної ідеології, накопичувався досвід боротьби з нею і водночас формувалась основа для подальшого розвитку вільнодумства.
Істотним недоліком було те, що вільнодумство у феодальну епоху не сформувалось у логічно послідовну систему поглядів, а виступало як окремі ідеї та принципи. Це зумовлено низьким рівнем розвитку позитивних знань і слабкою філософською базою, якою виступав стихійний матеріалізм, що не звільнився ще від релігійних нашарувань. Форма боротьби з релігійною ідеологією була схоластичною і релігійною. Атеїстичні тенденції були непослідовними та недостатньо науково обгрунтованими.
Більшість передових мислителів того часу були суб'єктивно релігійними людьми, хоча вони об'єктивно руйнували релігію. Ідеї вільнодумства зростали на основі хоч і незначних, але важко здобутих перемог у пізнанні закономірностей розвитку природи і суспільства. Слід зазначити, що вчення та ідеї передових мислителів і філософів середньовіччя справили істотний вплив на революційні християнсько-плебейські рухи, стали одним із джерел розвитку буржуазного атеїзму і вільнодумства.