Між вільнодумством і наукою існує тісний, нерозривний, діалектичний зв'язок. Вільнодумство дало науці провідний евристичний принцип, тобто правильне вихідне положення, ефективний напрям у пошуках істини, впевненість в отриманні позитивного кінцевого результату.
Із сукупності наукових досягнень, які зробили, особливо вплинули на розвиток і збагачення змісту вільнодумства, головними є такі.
I. Вчення М. Коперника, фізика, хімія, астрономія, космологія, що спростували біблійне вчення про геоцентризм
і побудову Всесвіту, про шість днів творення Богом світу, про втручання Бога у природу й творення ним «чудес».
II. Відкриття Ч. Дарвіна про походження видів рослин, тварин і людини, сучасне еволюційне вчення, генетика, весь цикл біологічних наук, що розвінчали релігійні уявлення про створення Богом життя, людини.
III. Вчення І. П. Павлова, 3. Фрейда, сучасна психологія, медицина, що засвідчили бездоказовість релігійних уявлень про душу, потойбічне життя, чудодійність зцілення і воскресіння померлих.
IV. Наукова філософія, політична економія, суспільствознавчі науки, що позбавили релігію провідної ролі в суспільному житті, духовному світі людини та суспільства.
Слід звернути увагу на релігійне тлумачення сутності історичного процесу. Саме в цій царині, особливо останнім часом, богослови й служителі культу активно шукають аргументи для обгрунтування історичної долі релігії.
Релігійне тлумачення сутності історичних явищ здійснюється на основі релігійно-догматичних концепцій. Грецька релігія називала долю мойрою, яка плете нитку життя кожній людині настільки міцну, що її не може розірвати сам Зевс. Індуїзм і буддизм використовують для цього вчення про карму — закон перевтілення душ. Якщо людині зараз погано, то це означає, що її душа в минулому втіленні поводила себе непристойно і нині змушена терпіти кару. Іслам говорить про спасителя Махді, який прийде у світ і винагородить кожного за його заслуги. До пришестя Махді світ приречений скніти у злі, стражданнях. Християнство для пояснення історичної долі людства використовує концепцію проесхатології — здійснення пророцьких очікувань пришестя Христа, Армагеддону — всесвітньої війни Бога з дияволом тощо.
У релігійних трактуваннях процесів соціального життя усі соціальні проблеми зводяться врешті-решт до проблем релігійно-моральних. Несправедливості в суспільстві багато, бо люди, начебто, перестали жити за заповідями Божими, якщо всі почнуть жити «no-Божому», справа швидко зміниться на краще. Не спростовуючи соціальної ваги ні моральної, ні релігійної сфер життя суспільства, однак слід визнати, що вони у суспільному житті другорядні, самі визначаються більш фундаментальними причинами суспільного буття.
Нарешті, релігійне розуміння історичного процесу стримує соціальну активність, творчу енергію людей. Адже все у руках Божих, справа людини — лише молити Гоутода про те, щоб він змінив життя на краще, і нехай буде на те Його воля.
Релігія завжди культивувала у віруючих визначену лінію поведінки, формувала в індивідуальній і соціальній психології певні риси: фаталізм — вірування у невідворотність долі, катастрофи, знамення; квієтизм — безтурботне, споглядальне сприйняття всього, що є у суспільному житті; пієтизм — показна благочести-вість, релігійне ханжество; ейфорію — піднесене, екзальтоване сприйняття соціального буття, добра й зла.
Наукове тлумачення сутності історичного процесу виходить із положення про те, що творцем історії є народ, джерелом матеріальних і духовних благ суспільства є праця, кінцеві причини динамізму та розвитку суспільства криються у способі виробництва — діалектиці взаємодії продуктивних сил і виробничих відносин. Розвиток суспільства через усі історичні щаблі, формації наука розглядає як природничо-історичний процес з притаманними йому внутрішніми, об'єктивними законами, вільний від втручання в нього будь-яких надприродних сил.