Розроблені два способи складання карт хромосом прокаріот. Вони базуються на існуванні кон’югації у бактерій. В основі першого способу лежить можливість часткового переходу хромосоми із бактерії-донора у бактеріюреципієнт, який триває близько 2 год. Бактерії під час кон’югації сполучені дуже слабо, і розрив їх найчастіше відбувається до повного переходу хромосоми. Ця особливість використовується для з’ясування порядку розміщення генів у хромосомі. Мається на увазі, що послідовність генів і відстань між ними пропорціональна часові, протягом якого здійснювалась кон’югація. Штучно припиняючи кон’югацію через певні відрізки часу і з’ясовуючи, які гени за цей час перейшли у реципієнтну клітину, можна встановити порядок їх розташування.
Другий метод полягає в тому, що в результаті кон’югації у бактерії-реципієнта частина хромосоми подвоюється. Протягом кількох поколінь бактерій ця ділянка залишається подвоєною (диплоїдною). Такі особини використовуються для з’ясування того, який із генів є домінантним, а який – рецесивним. Як правило, після кількох поділів низка генів, що локалізовані у ділянці хромосоми із донорської бактерії, шляхом кросинговеру включаються у гомологічні локуси хромосоми бактерії-реципієнта і замінюють алельні гени, а інші гени донора елімінуються (зникають). Утворену рекомбінантну хромосому можна використовувати для вивчення локалізації генів за принципом, який зроблений для еукаріот.
Закономірності, які встановлені школою Моргана, а потім підтверджені і поглиблені на численних об’єктах, відомі під загальною назвою хромосомної теорії спадковості.
Основні її положення такі:
Гени розміщені у хромосомах по довжині в лінійному порядку; різні хромосоми містять неоднакову кількість генів.
Алельні гени займають певні й ідентичні локуси (місця) гомологічних хромосом.
Гени, розташовані в одній хромосомі, утворюють групу зчеплення, завдяки чому має місце зчеплення деяких ознак, які разом передаються нащадкам.
Між генами гомологічних груп зчеплення, завдяки кросинговеру, можуть відбуватися рекомбінації.
Сила зчеплення між генами обернено пропорційна відстані між ними. Чим ближче розміщені гени в одній хромосомі, тим менше частота кросинговеру і тим сильніше їх зчеплення. Відстань між генами вимірюється у процентах кросинговеру.
Кожний біологічний вид характеризується специфічним набором хромосом – каріотипом.