Вивчення процесів зародження епітаксіальних частинок методом електронної мікроскопії показало, що зародки утворюються на дефектних ділянках кристалічних граней. Спочатку вважали, що місцями вибіркового зародження є сходинки на поверхні, в тому числі й мікросходинки. Згодом була висунута ідея, що на грані іонного монокристала зародки утворюються на дефектах решітки та їх скупченнях. Ця ідея була повністю підтверджена експериментально.
Процес утворення зародків дуже чутливий до наявності дефектів безпосередньо на поверхні кристала або біля поверхні. Поверхневі дефекти, які мають електронний заряд, є ефективними центрами конденсації. Цим можна пояснити орієнтований ріст плівок на тонких аморфних шарах, нанесених безпосередньо на кристалеву підкладку.